.NETアプリケーションのほうは「.NETフレームワーク」というものを利用しているアプリケーションです。これはWindowsで動くアプリケーションでもあります。
というわけで、Windowsアプリケーションの一部が.NETアプリケーションということになります。

こういった言い回しはいろいろできて、VBアプリケーションとか、Javaアプリケーションとか、何を利用しているかとか、どんなOSで動くかなどにより、いくらでも言葉を作ることができます。